Service d'anatomie pathologique
Présentation
Le Service d'anatomie pathologique des Cliniques universitaires Saint-Luc comporte cinq secteurs techniques :
- histologie ;
- cytologie ;
- immuno-histochimie ;
- pathologie moléculaire ;
- microscopie électronique.
Il centralise différents types de prélèvements tels que les pièces opératoires, les biopsies, les frottis cytologiques, gynécologiques et autres, les ponctions d'organes profonds.
Il se compose d'une équipe de dix pathologistes qui travaillent de manière sectorisée, comprenant le secteur de pneumologie, d'urologie, de néphrologie, de gynécologie, de sénologie, de gastroentérologie, d'hépathologie, de neuropathologie, de dermato-pathologie, d'hémato-pathologie et d'autopsies.
Analyses particulières
La biopsie rénale est un acte réalisé par un radiologue ou un néphrologue expérimenté en raison des conséquences graves (heureusement peu fréquentes) qui peuvent apparaître. L'indication est une dégradation de la fonction rénale non expliquée ou non résolue après traitement, l'évaluation du degré de fibrose tant interstitielle que glomérulaire à des fins pronostics, la confirmation du diagnostic clinique, le choix d'une thérapeutique la plus efficace et le suivi des greffes.
Différentes techniques (immunofluorescence, examens en microscopies optique et électronique) sont utilisées afin d'étudier le prélèvement biopsique. Chacun de ces domaines apporte des renseignements complémentaires permettant un diagnostic précis de la maladie. L'immunofluorescence est une technique d'immunomarquage qui utilise des anticorps et des fluorochromes à la recherche de dépôts d'immunoglobulines ou des protéines du complément. Il faut pour cela que le fragment, renfermant des glomérules, soit congelé et conservé au froid.
L'examen en microscopie optique nécessite un fixateur (bouin alcoolique ou formol) et l'inclusion en paraffine. A partir de ce matériel, des coupes de quelques microns seront étalées sur des lames et ensuite colorées pour analyse.
L'examen en microscopie électronique se fait après fixation de très petits fragments dans la glutaraldéhyde et l'ultrastructure du parenchyme rénal est appréciée par cette technique. Dans les meilleures conditions, le prélèvement biopsique est assez riche et peut être étudié de ces différentes manières. Mais parfois, cela n'est pas possible et le choix de la priorité des analyses est fait par le pathologiste ou le technicien expérimenté en prenant en compte le contexte clinique et les hypothèses diagnostiques évoquées. C'est pour cette raison que la biopsie rénale est envoyée, non fixée et mise dans une compresse imbibée de sérum physiologique. Elle doit arriver au laboratoire dans les plus brefs délais. Si le transport immédiat n'est pas envisageable, elle devra être conservée au réfrigérateur en essayant d'acheminer le prélèvement dans un laps de temps le plus court possible.
Une biopsie neuromusculaire correspond à un fragment de muscle, associé éventuellement à un fragment de nerf pour en réaliser l'examen au microscope afin de rechercher la cause d'une maladie affectant directement le muscle ou le nerf périphérique
1. Biopsies provenant d'un autre hôpital
Prévenir le laboratoire d'anatomie pathologique avant de programmer une biopsie.
Téléphone: salle macro tel 02 764 68 43 big de garde 88/68.18.
Si il n'y a pas de réponse, composer le bip de garde 88/68.48.
Condition de prélèvement
Prélever un morceau de muscle d'environ 1 cm3. Muscle et nerf doivent se trouver dans un pot sec. Ne pas utiliser ni de gaze ni d'eau physiologique.
Condition d'envoi des biopsies
Le pot contenant la biopsie musculaire ou nerveuse sera mis sur de la glace pilée: pas de carboglace ni de gros morceaux de glace, pouvant congeler la biopsie pendant le transfert sinon la biopsie sera ininterprétable: artéfacts de congélation !
Les prélèvements doivent être accompagnés d'une demande d'analyse sur laquelle doivent se trouver: le nom et prénom du patient ainsi que sa date de naissance, le nom du médecin demandeur, la localisation du prélèvement ainsi que le motif de la biopsie (pathologie suspectée).
Envoyer par coursier au choix dans l'heure.
Les prélèvements doivent arriver au plus tard à 14h au laboratoire d'Anatomie Pathologique.
Adresse d'envoi
Laboratoire d'Anatomie Pathologique
La réception des colis se situe au niveau –3 de la tour Franklin au Centre de Gestion des Laboratoires (CGL).
Il est important de bien noter sur le colis "URGENT, PRELEVEMENT FRAIS" pour que ce dernier soit transmis directement au laboratoire.
2. Biopsie interne
Il s'agit d'une collaboration entre la Neurochirurgie et le Centre de Référence Neuromusculaire (CRNM). La procédure à suivre dépend du type de biopsie à réaliser.
La biopsie est programmée
- Le médecin demandeur contacte le Neurochirurgien (bip 88/1087) et lui transmet les informations nécessaires, c'est-à-dire les coordonnées du patient (nom, prénom et date de naissance), le nom du médecin prescripteur et les noms des médecins devant recevoir une copie du protocole, le site du prélèvement et les indications cliniques. Si la demande est faite via le bloc opératoire au 2660, l'AIA (aide administrative) transfère le demandeur au Neurochirurgien.
- Le Neurochirurgien inscrit le cas au programme opératoire le lundi et réalise la biopsie avant 14 h.
- Le Neurochirurgien remplit le bon de demande.
- L'infirmière du bloc opératoire contacte la technologue du laboratoire d'anatomie pathologique au bip 88/6848 et envoie le prélèvement via le tube 315.
- La technologue indique sur le bon de demande le type et le nombre de prélèvements réceptionnés.
En cas d'urgence
- Le médecin demandeur contacte le Neurochirurgien (88/1087) ou le neurochirurgien de garde et lui donne toutes les informations nécessaires, c'est-à-dire les coordonnées du patient (nom, prénom et date de naissance), le nom du médecin prescripteur et les noms des médecins devant recevoir une copie du protocole, le site du prélèvement et les indications cliniques.
- Le Neurochirurgien contacte la technologue du laboratoire d'anatomie pathologique au 6858 pour discuter du meilleur moment pour réaliser la biopsie.
- Le Neurochirurgien inscrit le cas en salle d'op.
- Le Neurochirurgien remplit le bon de demande.
- L'infirmière du bloc opératoire contacte la technologue au bip 6848 et envoie le prélèvement via le tube 315 au laboratoire d'anatomie pathologique.
En cas de problème
Il sera discuté immédiatement et oralement entre les acteurs, soit le matin à 8h, soit à 17h30 au 7ème étage dans le service de neurochirurgie.
Prélèvements
Tout prélèvement humain tels que pièce opératoire, biopsie (fragment tissulaire de petite taille prise au moyen d'un endoscope ou d'un scalpel), frottis ou aspiration cytologique, ponction d'organes, liquide biologique sont analysables dans notre service d'anatomie-pathologique.
L'obtention de ces prélèvements est un acte médical effectué dans nos services cliniques (hospitalisation ou consultation) ou dans des établissements de santé autorisés à cet effet.
Le prélèvement est effectué dans le strict respect des conditions médico-techniques et sanitaires visant à assurer la qualité, le suivi et la sécurité du patient.
Consignes de prélèvement et d’envoi des échantillons :
- Les récipients doivent être hermétiquement fermés.
- Le bon de demande accompagnant le prélèvement doit être dûment complété:
- nom, prénom, renseignements mutuelle du patient
- nom, prénom, numéro d'Inami du prescripteur
- données cliniques du patient dont le site anatomique d'origine ainsi que des indications cliniques (antécédents, traitement, diagnostic suspecté)
- La demande doit être datée et signée par le prescripteur.
- L'adresse complète du destinataire doit y être inscrite.
- L'encodage est réalisé dans le système DIAMIC (Infologic), programme de gestion des données administratives, de demandes techniques, d'édition de protocoles et de validation médicale.
Manuel des consignes pour le prélèvement et l’envoi des échantillons en anatomie pathologique
Histologie
L'Histologie est l'étude microscopique de la morphologie et de la composition des tissus biologiques permettant de comprendre leur structure et leur fonctionnement tant normal que pathologique. Cette technique nécessite un enrobage tissulaire de plusieurs heures.
Les prélèvements biopsiques destinés à l'anatomie pathologique sont placés dans une solution de fixation à base de formol tamponné à 10%. Il est recommandé de fixer les biopsies le plus rapidement possible.
Pour les pièces opératoires, la fixation recommandée doit s'effectuer dans un délai de moins d'une heure. En ce qui concerne les pièces tumorales, il est conseillé de se référer aux données de la banque de tumeur (02 764 67 57 ou Bip: 88/46859). Dans ce cas, la fixation doit être la plus rapide possible et l'heure de fixation notée sur la demande. La quantité de formol doit recouvrir en totalité l'échantillon et correspondre à au moins 5 fois son volume.
Cytologie
La cytologie pathologique est l'analyse des cellules et de leurs constituants. Ce matériel est issu de divers liquides ou tissus biologiques. Les critères morphologiques objectivés au microscope permettent de poser un diagnostic dans un délai court étant donné l'absence de technique d'enrobage.
Prélèvements gynécologiques
On entend par prélèvements gynécologiques les frottis cervico-vaginaux.
La technique utilisée au laboratoire est le ThinPrep PAP Test Hologic
Les flacons PreservCyt (ThinPrep de Hologic) ainsi que la méthodologie de prélèvement sont disponibles sur demande et acheminés soit par chauffeur ou par colis postal.
L'échantillon dans la solution de préservation peut-être conservé pendant deux mois entre 15 et 30°C.
La technique est réalisée de manière quotidienne par l'automate ThinPrep5000 Hologic
Prélèvements non-gynécologiques
La cytologie non gynécologique comporte la cytologie exfoliative, la cytologie de ponction et de brossage. Les urines, les liquides d'épanchements pleuraux, péricardiques, péritonéaux, etc. forment la cytologie exfoliative. La cytologie de brossage (réalisée par une brosse) est d'origine bronchique, biliaire, pancréatique, médiastinale et paraoesophagienne. La cytoponction d'organes comme le sein, la thyroïde, les organes profonds sont réalisés à l'aiguille fine.
Les prélèvements peuvent nous parvenir à frais ou fixés, le matériel étant déposé dans un pot de fixateur et/ou des lames de frottis étant réalisées par le clinicien. Les prélèvements fixés dans la solution CytoRich Red (Shandon) que vous pouvez vous procurer au laboratoire de même que les frottis étalés séchés ou fixés (avec de la laque ou un mélange alcool dénaturé ou CytoRichRed) sont conservés à température ambiante.
Les prélèvements cytologiques à frais doivent être acheminés rapidement au laboratoire, endéans les 30 minutes et doivent être fermés hermétiquement.
Il est impératif que les LCR (le liquide cephalo rachidien que l'on ponctionne pour rechercher une éventuelle pathologie infectieuse ou maligne) soient envoyés frais le plus rapidement possible dans des tubes stériles, le matériel peu abondant étant très fragile.
Si pour des raisons de problèmes de navettes ces prélèvements ne peuvent être acheminés dans les meilleurs délais au labo, ceux-ci doivent être gardés au frigo et transmis le plus rapidement possible au laboratoire et au plus tard le jour même.
Le matériel cytologique est analysé après avoir été préparé et coloré suivant des procédures spécifiques variant en fonction du type d'échantillon reçu.
Techniques
Les demandes d'analyses en Anatomie Pathologie :
- Demande externe (form 4201)
- Bon de demande d’analyse : prélèvements biopsiques et cytologiques
- Bon de demande d'analyse : dermatopathologie
Immunohistochimie
L'immunohistochimie se définit comme l'identification in situ d'épitopes spécifiques, contenus dans des coupes histologiques de tissus initialement fixés au formol et enrobés en paraffine ou simplement cryopréservés, par des anticorps couplés à un système de révélation appropriés (chromogénique ou fluorescent).
Le service est apte à recevoir des demandes d'immuno-histochimie de laboratoire externe. Toutes demandes doivent comporter un bon de demande dûment rempli (cf. biopsie).
Méthodologie
Pour les envois extérieurs à Saint-Luc, deux possibilités peuvent se présenter:
- la réception d'un bloc de paraffine (fixation au formol tamponné 10%);
- la réception de coupes histologique d'une épaisseur de 5 microns montées sur des lames en verre super-frost standard. Le nombre de lames correspondant à autant de demandes d'anticorps plus une lame de réserve.
Tests
Le laboratoire effectue les recherches d'antigènes détectés par les anticorps suivants:
- de manière automatisée sur 4 modules Benchmark (Ventana);
- manuellement pour les anticorps ne représentant qu'un très faible volume
(Voir la liste des analyses)
Tests à visée thérapeutique, accrédités BELAC ISO 15189: ALK(D5F3), ER, PR, Her2, EGFR, CD117
Pathologie moléculaire
a biologie moléculaire et les biotechnologies permettent l'étude du génome et de son expression. Il est possible à l'aide de techniques basées sur des coupes histologiques ou sur des extraits cellulaires de visualiser une séquence ou une répétition de séquence particulière parmi l'ensemble du génome. La biologie moléculaire peut révéler la présence d'acides nucléiques d'origine virale ou bactérienne.
Méthodologie
Chaque demande spécifique de biologie moléculaire doit être accompagnée:
- d'un formulaire dûment complété
- du prélèvement de cytologie en milieu liquide
- du bloc de paraffine à analyser ou éventuellement de lames d'immuno-histochimie correspondantes pour une recherche d'amplification de l'oncogène Her2 dans les adénocarcinomes oeso-gastriques.
Tests
Le laboratoire effectue les recherches en pathologie moléculaire
(Voir la liste des analyses)
Tests accrédités BELAC ISO 15189: SISH/CISH Her2, HPV (cytologie et histologie), EBER, Réarrangements B et T, FISH SYT, FISH DDIT3, FISH FUS, FISH EWSR1, FISH MDM2, FISH ALK
Microscopie électronique
La microscopie électronique est une technique qui permet de visualiser des structures infiniment petites grâce à un appareillage dont la source de rayonnement émet des électrons. Le recours aux électrons permet d'améliorer la résolution et d'augmenter le grossissement d'échantillon (jusqu'à 250.000 fois, environ) par rapport aux photons utilisés dans un microscope conventionnel (grossissement 1.000 fois, environ). Ainsi, les structures fondamentales normales et pathologiques de la cellule mais aussi les interactions entre cellules et/ou types cellulaires peuvent être investiguées.
Le résultat des interactions électrons-matière est observé sur un écran phosphorescent. Des documents iconographiques peuvent être pris et quantifiés par la suite si nécessaire.
Méthodologie
Les prélèvements destinés à une observation en microscopie électronique doivent être de très petit volume et impérativement fixés dans de la glutaraldéhyde (à 2.5%, très toxique). Des petits pots de remplis de ce fixateur dédicacé sont disponibles sur simple demande aux pathologistes superviseurs ou au secrétariat du service.
